Visszatérő téma volt a miniszterek és politikai államtitkárok parlamenti jelenléte, és emellett a minisztériumi apparátusok jó működésének a biztosítása. Különösen a külföldi utazások összehangolását kérte a kormányfő. „…kénytelen vagyok a miniszterek, a politikai és a közigazgatási államtitkárok esetében előzetes hozzájárulásomhoz kötni a kiutazásokat, megegyezően a külföldi és a réi magyar kormányzati szokásokkal. A miniszterek közvetlenül, az államtitkárok a miniszter javaslatával küldjék be hozzám a külföldi utazásokra vonatkozó kérésüket jóváhagyásra. Ez vonatkozik a hivatalos, félhivatalos kiküldetésekre, külföldi meghívások alapján tett látogatásokra (előadások tartására stb.) egyaránt.”? (A gyakorlatban ez a rendszer betarthatatlannak bizonyult.)
A miniszter helyettesítése máskor is fölmerült. Szabadság, külföld kiküldetés, vagy egyén tartós akadályoztatás esetén csak egy másik, erre kijelölt miniszter helyettesíthette.? „A kormányzati munkában történő helyettesítés érdekében a miniszter eltávozása előtt a szükséges mértékben ismertesse meg az őt helyettesítő miniszterrel azokat az ügyeket, amelyekben távolléte idején előreláthatólag intézkedés szükséges. A kormányülések várható napirendi pontjait illetően álláspontjáról tájékoztassa minisztertársát, hogy az a vitában és a szavazáskor képviselhesse ezt az álláspontot. A minisztérium apparátusa ugyancsak adja meg a szükséges segítséget a helyettesítő miniszternek. A távollét idején a helyettesítő miniszter és a távollévő miniszter politikai államtitkára egymással együttműködve intézzék az ügyeket.”?
A Horvátország számára 1990 őszén szállított 10 000 géppisztoly ügyében a belgrádi kormány által keltett indokolatlan hisztéria és annak az ellenék részéről történt támogatása folytán „A haditechnikai eszközök külkereskedelmi forgalmának engedélyezése, a szükséges döntések meghozatala” érdekében a 48/1991./III.27./ Kormányrendelet Tárcaközi Bizottságot hozott létre. „Ismereteim szerint a Bizottság folyamatos működését nehezíti, hogy egyre gyakrabban fordul elő valamely tárca vezetőjének, vagy őt helyettesítő képviselőjének akadályoztatása miatt az előre egyeztetett ülés elnapolása. Nyomatékosan kérem Miniszter Urat a hivatkozott kormányrendeletben foglaltak betartására. Kérem, hogy a Bizottság folyamatos működéséhez saját, akadályoztatása esetén elsősorban a tárca politikai államtitkára részvételét biztosítsa.”?
Más esetekben is nehézséget okozott egy-egy tárca nem megfelelő képviselete egy-egy országgyűlési bizottságban. Ezt nekem személyesen is szóvá tette a miniszterelnök. „Az ENSZ Békefenntartó Erőkkel foglalkozó országgyűlési határozat előterjesztésével kapcsolatban a Külügyi és a Honvédelmi Bizottság együttes ülésén a Külügyminisztérium és a Honvédelmi Minisztérium megbízottai eltérően nyilatkoztak a kormány állásfoglalásáról az „állomásoztatás” kérdésében. Nem álltak ki az Országgyűlés által végül is elfogadott és megalapozott kormányzati előterjesztés mellett. A két bizottság közös előadója (Hegedüs István) az ő állásfoglalásukra is hivatkozva javasolta a módosítás elfogadását. Tarthatatlannak tekintem azt, hogy ilyen súlyú alkotmányjogi-, nemzetközi jogi és külpolitikai kérdésben a tárcák nem képviseltetik magukat legalább politikai államtitkári vagy közigazgatási államtitkári (végső esetben h. államtitkári) szinten. Továbbá hogyan lehetséges a kormány állásfoglalása ismeretének hiánya, illetve az azzal történt ellentétes állásfoglalás? Csak megjegyzem, hogy Annus Antal altábornagy, közigazgatási államtitkár jelen volt a Minisztertanácson, amikor ebben a kérdésben az alkotmányjogilag és katonailag egyaránt megalapozott állásfoglalást tettük. Kérem mindkét tanulság levonását és szíves tájékoztatását a történtekről.”? Válaszomban megírtam, hogy „Katona államtitkár úr más irányú kötelezettsége folytán nem vett részt az ülésen, és így […] a helyettes államtitkári terület megbízott vezetője, Endreffy Miklós, egyben az érintett főosztály [Nemzetközi Jogi] vezetője képviselte minisztériumunkat. Ő érthető módon nem rendelkezett azokkal az információkkal, amelyekkel lényegében csak a csütörtöki kormányülés résztvevői rendelkeztek. Így véleményem szerint is az ülésen résztvevő Annus Antal altábornagy úr, államtitkár, volt abban a helyzetben, hogy a kormány álláspontját a leghatékonyabban képviselje.”? Ez a levélváltás is demonstrálja, hogy a miniszterelnök mennyire figyelt a parlamentarizmus szigorú érvényesülésére és az alkotmányosság követelményeire.
